Beveik pusė žmogaus organizmo baltymų yra sukaupta raumenyse, tačiau aminorūgščių katabolizmo fermentų daugiausiai yra kepenyse. Po valgio didžioji dalis aminorūgščių patenka į kepenis, nors žinoma, kad pakankamai didelė dalis glutamino ir glutamato skyla žarnyno gleivinės ląstelėse. Vienos aminorūgštys vartojamos plazmos baltymų sintezei, kitos skaidomos atsipalaiduojant amoniakui.

Šakotos grandinės aminorūgščių (valino, leucino, izoleucino) apykaita kepenyse vyksta silpnai, todėl jų daugiausiai patenka į periferinius audinius ir organus, ten vyksta šių aminorūgščių peramininimas. Šakotos grandinės aminorūgštys sudaro apie 60 % visų aminorūgščių, patekusių iš žarnyno į bendrą kraujotaką, netgi ir tuo atveju, kai maisto baltymuose jos sudaro tik 20 %.

Pirmiausiai jas pasisavina raumenys, jos sudaro apie 50 % visų į raumenis patekusių aminorūgščių, bet po valgio praėjus 2-3 valandoms šios aminorūgštys periferiniuose audiniuose jau sudaro 90-100 %.

Manoma, kad šakotosios grandinės aminorūgštys, esančios raumenyse, yra pagrindiniai aminogrupių donorai. Pertraukose tarp valgio, šakotos grandinės aminorūgštys yra pagrindinis smegenų energijos šaltinis. Glutamino daugiausiai suvartoja inkstai ir žarnynas.

Po valgio (žr.pav.) visų aminorūgščių, išskyrus valiną, leuciną ir izoleuciną, metabolizmas vyksta pagrinde kepenyse. Absorbciniu periodu pagrindiniu laisvųjų aminorūgščių tiekimo šaltiniu yra žarnynas. Didžiąją dali tiekiamų aminorūgščių sudaro aminorūgštys su išsišakojusią grandine, kurios iš kraujotakos yra gabenamos į smegenų ir raumenų ląsteles.

Po rezorbcijos (žr.pav.) raumenys yra kraujo plazmos aminorūgščių šaltinis. Kiekybiškai svarbiausios yra alaninas ir glutaminas. Tokiu periodu laisvosios aminorūgštys pagrinde yra tiekiamos iš raumeninio audinio, kuriuose sustiprėja baltymų katabolizmas. Šios aminorūgštys yra naudojamos gliukoneogenezės procesuose kepenyse.

Aminorūgščių apykaitos genetiniai sutrikimai. Žmogui daug ligų sukelia įgimti genetiniai sutrikimai, kurie yra susiję su aminorūgščių apykaitos sutrikimais. Juos gali nulemti visiškas ar dalinis fermentų aktyvumo sumažėjimas, baltymų sintezės slopinimas ar mutantinių baltymų sintezė. Pakitus medžiagų apykaitai, sutrinka organizmo funkcijos, nervų sistemos vystymasis, nustatomas protinis atsilikimas ar net mirtis. Sutrikus aminorūgščių katabolizmui pradeda stigti biologiškai svarbių metabolitų ar kaupiasi šalutiniai produktai. Lentelėje nurodyti keletas genetinių aminorūgščių apykaitos sutrikimų.