Patogenezė (gr. pathos – kančia, liga + genesis – kilmė, atsiradimas) – 1.mokslas, apie bendrus ligų ir patologinių procesų kilimo mechanizmus, eigos ir baigties dėsningumus; 2. konkrečios ligos, patogeninių procesų arba būklių vystymosi raida, t.y. procesų visuma, kurie lemia ligų atsiradimą, eigą ir baigtį. Nagrinėja liguisto proceso ar ligos atsiradimą ir plitimą organizme, organizmo atsakomąsias reakcijas į žalingą (ligą sukeliantį) veiksnį, jų tarpusavio ryšį ir raidą, organizmo struktūros ir funkcijos poslinkius ir pažeidimus. Teoriškai paaiškina ligos eigą, jos simptomus, pagrindžia diagnozę, gydymą ir profilaktiką.