Endotoksinas – toksinas, kuris į aplinką patenka tik iš žuvusių ir suirusių bakterijų. Daugelio gramneigiamųjų bakterijų išoriniame ląstelės sluoksnyje yra lipopolisacharido, kuris tam tikromis aplinkybėmis yra nuodingas šeimininkams.  Endotoksinai yra termostabilūs, silpni imunogenai, pirogeniški, gali krešinti kraują, sukelti šoką, viduriavimą, uždegimą, žarnyno kraujavimą.