Autoinfekcija (gr. autos – pats + infektio – užkratas) – organizmo užsikrėtimas savais, organizme besiveisiančiais sąlygiškai patogeniniais mikrobais. Kiekviename organizme yra tam tikra normali flora (vad. automikroflora) – mikrobai (bakterijos, grybeliai, pirmuonys), kurie dauginasi odos, gleivinių paviršiuje, bet organizmui nekenkia arba net yra naudingi (pvz., žarnyno mikroflora). Sumažėjus organizmo atsparumui (nušalus, nudegus), susižeidus odą arba gleivinę, šie mikrobai prasiskverbia į gilesnius audinius ir sukelia uždegimą (anginą, apendicitą, kolitą, rožę). Esant autoinfekcijai, ypač paviršinei, galima apkrėsti aplinkinius žmones. Profilaktika: vengti odos ir gleivinės pažeidimų, laikytis asmens higienos, stiprinti organizmo atsparumą infekcinėms ligoms (grūdintis, nevartoti alkoholio, nerūkyti).